2005-2007 гг. – период становления российского рынка образовательных услуг, время поиска вузами своего уникального сегмента в нем, наращивания конкурентных преимуществ.
Погружение в лучшие мировые практики в области управления качеством, изучение различных моделей совершенства дало Университету понимание необходимости встраивания опыта развития успешных европейских организаций в свою деятельность как базовой платформы для достижения устойчивого развития Университета в будущем.
Активное участие в конкурсах в области качества помогло расширить круг деловых партнеров, повлияло на закрепление ценностей совершенства в организационной культуре Университета, повысило уровень вовлеченности сотрудников и студентов в проектную деятельность.
Основной результат трансформации – получение Университетом нового статуса – «инновационный вуз» и государственное финансирование на модернизацию материально-технической и лабораторной базы, обновление программно-методического обеспечения процессов образования и науки, повышение квалификации и переподготовку сотрудников.
В целом это позволило Университету внедрить качественно новые предложения для персонала (условия и возможности для профессиональной самореализации), потребителей и общества (инновационные технологии и опытно-конструкторские разработки, программы дополнительного образования, консалтинговые услуги).
Кроме того, это способствовало сохранению и развитию фундаментальной и прикладной науки как основы содержания основных образовательных программ.
В 2007 году ректору университета был вручен диплом победителя конкурса образовательных учреждений высшего профессионального образования России, внедряющих инновационные программы в рамках приоритетного национального проекта «Образование».
Диплом ректору Университета В.И. Трухачеву вручает Андрей Александрович Фурсенко, занимавший в 2007 году должность министра образования и науки РФ.
За два года реализации проекта «Образование» в Университете было открыто более 50 инновационных структурных подразделений, деятельность которых обеспечила настоящий прорыв в научно-исследовательской деятельности, и сейчас способствует социально-экономическому развитию сельских районов Ставрополья и Северо-Кавказского федерального округа.
В этот период Университет принимает участие в Международных турнирах по качеству стран Центральной и Восточной Европы.
В 2006 году в результате участия во 2-ом Международного турнире по качеству стран Центральной и Восточной Европы университет стал финалистом и получил сертификат EFQM «Признание совершенства в Европе - 4*».
Такой результат дал хороший стимул дальнейшему развитию университета и уже в 2007 году университет был награжден Кубком и дипломом победителя 3-го Международного турнира по качеству стран Центральной и Восточной Европы. На данном этапе развития Университета это способствовало поддержке и повышению имиджа вуза в глазах профессионального сообщества и потребителей.